Das Temperaturregime der Saale unterhalb der großen Talsperren ist geprägt durch den Abfluss von kaltem Tiefenwasser. So ist die Saale unterhalb der Staumauer der Hohenwarte Talsperre im Verhältnis von Gefälle, Fließgeschwindigkeit und Temperatur deutlich verändert zu natürlichen Flussabschnitten. Speziell die Fischfauna erfährt in ihrer sensibelsten Phase, der Reproduktion deutliche Beeinträchtigungen. Die Barbenregion wäre für Ausbreitung und Struktur des Flusses typisch. Das historische Wappen der Stadt Saalfeld/ Saale zeigt die Barbe als ihren Wappenfisch. Aufgrund der deutlich niedrigeren Temperaturen im Gewässerabschnitt besteht für die Leitfischarten kaum eine Möglichkeit, autochthone zu bilden. Während der Erbrütungsphase reagieren die befruchteten Eier sehr senisibel auf Temperaturschwankungen. Somit sind dauerhafte Bestände dieser Leitfischarten nicht zu sichern. Besonders die Cypriniden, karpfenartige Weißfische wären weitere Fischarten, die diese Region deutlich prägen. Die Nase, Hasel, Döbel und Ukelei wären hier als Vertreter zu nennen.
Im Jahr 2017 startet der VANT e.V., die AAT e.V. zusammen mit dem Energieversorger EMS GmbH der Region um Rudolstadt ein neues Projekt um Fischartenschutz zu betreiben.
Der Mühlgraben in dem Stadtteil Schwarza wird von einer Mühle zur Gewinnung regenerativer Energie und von der Fa. EMS GmbH als Kühlwasserreservoir genutzt. Der Graben selbst ist 1,5 km lang und wird durch Wasser der Schwarza gespeist. Die durchschnittliche Durchflussmenge beträgt ca. 3,5 m/s. Vorteilhaft an dem Graben ist, dass das Wasser der Schwarza unbeeinflusst von dem Temperaturregime der Saalekaskaden und höher als das der Saale ist. Die Überlebensgrundlage für zu erbrütende Eier ist, dass die Temperatur keine sprunghaften Abstürze oder Anstiege verzeichnet. Zum weiteren benötigen die wärmeliebenderen Arten eine Temperatur von über 6°C bis maximal 20 ° C je nach Art und Laichzeit.
Mit dem geregelten Temperaturregime in dem technischen Bauwerk des Mühlgrabens besteht die Möglichkeit zum einen Fische in einem Bruthaus zu erbrüten und anschließend ohne Einfluss von Fischprädatoren im abgegrenzten Mühlgraben aufwachsen zu lassen. Im Anschluss werden diese Fische nach der einsömmrigen Phase in das Flusssystem der Saale gesetzt. Mit dieser technischen Simulation kann versucht werden, den deutlich rückläufigen Arten der Thüringer Fischfauna eine Initialzündung zu geben. Das Temperaturregime der Saalekaskaden sollte langfristig gesehen durch einen kontrollierten Abfluss von Oberflächenwasser verbessert werden. Technische Lösungen sind hier zu bevorzugen.
